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Le muséum est constitué d'un patrimoine scientifique important, le plaçant parmi les premiers de France, en nombre de spécimens.
Ces collections, rassemblées pour la plupart par les conservateurs qui se sont succédés jusqu'au milieu du XXème siècle, couvrent tous les domaines de l'histoire naturelle.


" Quant au Muséum, ce n'est point, comme beaucoup de personnes peuvent le croire, un recueil de curiosités sans autre but que d'amuser quelques oisifs. Il contient des collections d'un intérêt réel et d'une haute valeur scientifique. Ce qui donne surtout à un musée son importance, ce sont les collections typiques, c'est à dire celles qui ont servi de base à un écrit et qui contiennent les objets à l'appui des faits avancés par l'auteur. Ces collections sont à l'histoire naturelle ce que sont les archives pour l'histoire des  peuples. Or, notre musée, grâce à son existence déjà plus que demi-séculaire, en possède un certain nombre."
Louis Bureau, conservateur au Muséum de Nantes de 1882 à 1919